故事发生在以武家政治组织而闻名的德川幕府的发展阶段三将军时代.当时社会上流传着有关由太空金属制造而成的"斗神的独钴杵"、"犹大的十字架""大帝之剑"这三件神器的传说。传说只要能拥有它们，就能拥有征服世界的力量。因此，各方势力都想将这三件神器收入囊中。
故事的主人公万源九郎就是拥有"大帝之剑"的武士。他由于祖父的"要将三神器送往原来的归属之处 "的遗言，而踏上了寻找其他两件神器的旅途。在路途上，万源九郎遇到了美丽的丰臣家的后裔公主舞。为了救公主舞，万源九郎打败了德川的手下 ，于是公主舞与其守护者真田忍者佐助便与万源九郎结伴而行。可是一夜之间，公主舞的言行就有了很大的变化，而且异常的诡异。
原来，公主舞身上的宇宙金属吸引了宇宙人蓝进入了舞的体内，从而，使宇宙人蓝可以得到舞身上的宇宙金属。与此同时，宇宙金属的另一个追随者，行动飘忽不定的美丽剑士牡丹也注意上了万源九郎他们。德川家为了要杀掉丰臣家后裔并夺走神器，派出了妖怪忍者军团，不断的对万源九郎等人进行攻击。 同时，和蓝一样的外星人也进入了熊男、猎人权三以及破颜坊身上，不断的给万源九郎等人制造危机。面对种种的困难，万源九郎拿起了大帝之剑向一个又一个敌人冲了过去......